Ti consiglio di battere i siti a tema, Reddit e i server Discord frequentati dagli amanti delle 40%.

Come immaginavo è più arduo del previsto trovare quello che cerco, ma non demordo.
Continuerò a scavare.

con quella che sarà (spero) la mia prima tastiera meccanica! [...]

E vedrai che non sarà l'ultima.

[...] Prima di iniziare mi scuso anticipatamente se scriverò delle inesattezze, vi chiedo di biasimarmi dato che devo ancora entrare in questo mondo. [...]

Questo forum esiste proprio per questo, dare aiuto a chi inizia a muovere i primi passi nell'hobby: tranquillo! Chiedi pure... e cercheremo di rispondere al meglio.

[...] Mi sono finalmente deciso a fare un cambio drastico e radicale alla mia routine passando da una classica tastiera a membrana full-size ad una 40% ortolineare! [...]

È un bel salto! Cambiare layout ed allineamento dei tasti... è tosta. Ma ti vedo bello convinto per cui avanti tutta!

[...] ho scoperto i vari software per la personalizzazione dei layers, questi richiedono una compatibilità oppure ogni tastiera è configurabile tramite VIA/QMK? [...]

Non tutte le tastiere sono compatibili con QMK/VIA, molte però lo sono, soprattutto per quelle che nascono dalla community per la community: QMK è infatti un software open source e questa di norma è la filosofia che guida gli hobbisti. Tieni conto che per essere precisi VIA puoi considerarlo come una sorta di addon per QMK il cui scopo è quello di rendere la configurazione della board più semplice, attraverso una interfaccia grafica via web - mentre lavorando con QMK si deve avere dimestichezza con la CLI ed essere decisamente più smanettoni.
Riassumendo: i progetti che nascono dalla community hanno al 99,9% una compatibilità nativa con QMK e molti tra essi nascono con compatibilità VIA già attiva - oppure VIAL che è una variante più open rispetto a VIA. Per i progetti wireless sta avendo grande successo negli ultimi tempi anche il firmware open source ZMK.

[...] passando invece alla configurazione vera e propria, è possibile impostare le lettere accentate ad esempio sul secondo livello? Ad esempio premendo FN1+e scrive 'è' e con FN1+Shift+e dà 'é'. [...]

Assolutamente sì. QMK tra tutti è la soluzione che ti permette di personalizzare il comportamento della tua board nel modo più avanzato possibile: ciò che chiedi con QMK è assolutamente possibile realizzarlo. Non solo, vedrai che ci sono un sacco di funzioni disponibili che ti faranno considerare comportamenti e combinazioni che oggi probabilmente non conosci neppure.

[...] Per chiarezza, io pensavo ad un layout tipo planck ez o olkb planck. Dunque un 12x4 con l'unica variante per lo spazio di dimensione doppia al centro in basso. [...]

Hai decisamente preso una nicchia all'interno di un'altra nicchia.
Le 40% sono una minoranza tra le custom - a livello di numeri - ma hanno una base di utenti davvero incrollabile e fedelissima. Anche il mondo ortolineare è più o meno messo allo stesso modo.
Premessa: non è il mio mondo (non sono sicuramente un ortho-lover e al momento non sono mai andato al di sotto delle 60%) ma qui magari troverai qualcuno più esperto di me in materia.
Ho però provato a guardare in giro: sapevo che su 42.keebs avevano qualcosa ma a quanto pare i kit Lumberjack sono al momento fuori stock. Puoi provare nel caso a scrivere a Pete su Discord per capire se ne ha qualcuna in arrivo.
Ho trovato però su Boardsource il kit Equals 60 che è una 5x12 credo in linea con quello che cerchi. Si tratta però di un kit da saldare, con alcune componenti SMD che potrebbero essere un po' rognose - se sei alle prime armi con il saldatore. Qui puoi farti un'idea del processo di assemblaggio.
Esiste anche un kit già assemblato ma i case non sono al momento disponibili.
Se trovo altro ti avviso.

[...] Legato al punto precedente: ok che voglio solamente la base senza switches e keycaps, ma come si chiama in gergo quella parte? Sono i cosiddetti 'kit'? [...]

Di norma si chiamano «kit»: un kit in media contiene il case (in uno o più pezzi in base a come è fatta la tastiera), il plate e la PCB - più viti ed affini utili per l'assemblaggio. Sono esclusi sicuramente switch e keycaps. In alcuni casi - è molto meno comune - nel kit non è inclusa la PCB (ma viene segnalato in modo esplicito).

[...] Spero di non avervi tediato troppo con queste mie considerazioni, ma prima acquistare cerco quanto meno di informarmi al meglio : ) [...]

È giusto così! Chiedi pure, sono sicuro che qui troverai tanti in grado di poterti dare una mano e con cui condividere informazioni utili.